提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
安倍回忆录预售火爆,曾因“敏感内容”延期出版******
【环球时报报道 记者林泽宇 环球时报特约记者 王颖】日本《读卖新闻》30日报道称,《安倍晋三回忆录》将于2月8日出版,内容为对已故前首相安倍晋三的长篇采访。该书原计划于去年年初出版,但由于有很多“敏感内容”,当时应安倍本人要求,出版被延期。在安倍遇刺身亡后,经其夫人安倍昭惠同意,本书得以面市。
报道称,对安倍的采访由读卖新闻社特别编辑委员桥本五郎与社评副委员长尾山宏于安倍卸任首相约一个月后(2020年10月)开始进行,采访共计18次,时间跨度约1年,采访时长达36小时。《安倍晋三回忆录》收录了全部采访内容。报道称,回忆录内容涉及美国前总统特朗普、俄罗斯总统普京等。在回忆录中,安倍透露,特朗普看起来好战,但实际对军事行动持消极态度。特朗普以及美国政府曾试图“拼命隐藏真正态度”,因为他们认为如果朝鲜发现这一点,美国对朝施压将失去作用。
《环球时报》记者注意到,尽管《安倍晋三回忆录》的正式发行日期是2月8日,但从1月30日起就开始接受预订,当日便登上日本亚马逊网站非小说类图书排行榜第一名。
安倍晋三于2006年9月首次出任日本首相,翌年9月以健康为由宣布辞职。他于2012年12月再次出任日本首相,直至2020年8月因健康问题辞职,是连续在职时间最长的日本首相。安倍晋三去年7月8日在奈良县奈良市街头演讲时遭枪击,经抢救后不治身亡,终年67岁。
另据日本“映画”网站30日报道,一部关于安倍晋三的政治纪录片《妖怪之孙》将于3月17日起在日本公映。这部纪录片主要通过采访的方式探讨安倍晋三究竟是怎样一个人、给日本留下了什么遗产等话题。纪录片片名之所以是《妖怪之孙》,是因为安倍是被称为“昭和之妖”的甲级战犯、前首相岸信介的外孙。
(来源:环球时报)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)